物語の舞台は、突如として発生する巨大怪獣が人々の生活を脅かす日本。怪獣災害に対抗するため、政府は討伐専門の日本防衛隊を組織し、エリートたちが怪獣と戦い続けていた。カフカは仲間である市川レノや四ノ宮キコルとともに過酷な訓練と戦闘を経て成長しながら、自分が「怪獣」としての力を持ちながらも、人間として戦い続ける道を模索していく。